Exame » SEQUENCIAMENTO DO GENE RB1 COM CNV [708778]
Cobertura ANS
Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do gene RB1.
A proteína RB, codificada pelo gene RB1 desempenha papel importante no controle do ciclo celular, atuando como supressor tumoral além de estabilizar a cromatina. Defeitos nesse gene estão associados a tumores retinoblastoma na infância, câncer de bexiga e sarcoma osteogênico. O retinoblastoma é um tumor maligno que se desenvolve na retina e ocorre antes dos 5 anos. O retinoblastoma pode ser unifocal ou multifocal. Mais de 60% dos afetados apresentam a forma unilateral com uma idade de diagnóstico de 24 meses e 40% tem um retinoblastoma bilateral realizando o diagnóstico com 15 meses de idade. A identificação de mutações pontuais ocorre em 70% dos casos após realizar o sequenciamento do gene RB1. Esse teste sequencia todos os exons e splice sites do gene RB1. Mutações germinativas nesse gene predispõe ao desenvolvimento de tumores retinais chamados retinoblastomas.
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Genes Analisados
Avaliação por sequenciamento e do número de cópias
- RB1: Cobertura média esperada de 98.95% 30x. Cobertura média esperada de 99.99% 10x.
Documentos Obrigatórios
Instruções
| Exigência | Descrição |
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| Materiais |
ou
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| Volume Recomendável |
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| Tempo de Jejum |
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| Conservação |
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| Critérios de Rejeição |
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| Critérios de Restrição |
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| Última Atualização |
09/03/2022 |
| Documentos Obrigatórios |
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Metodologia
O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) e análise de número de cópias (CNV) para grandes deleções e duplicações exônicas no Pipeline Genomika-Einstein.
A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 30x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh38/hg38. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG).
Limitações do exame
Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Análise de número de cópias (CNV) para variantes de um ou mais exons possui uma sensibilidade de >99%. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudo-genes.
Doenças relacionadas
| Código | Descrição | Detalhes |
|---|---|---|
| RB | Retinoblastoma |
Outros nomes para SEQUENCIAMENTO DO GENE RB1 COM CNV
- Gene RB1
- Retinoblastoma