Instruções para o exame: DADOS BRUTOS EXOMA

Metodologia

A metodologia usada no exame é NGS - Sequenciamento de Segunda Geração por Captura (genomas nuclear e mitocondrial).

Extração e fragmentação de DNA seguidos de indexação, captura com kit específico e enriquecimento das regiões de interesse (nuclear e mitocondrial). O sequenciamento de nova geração (NGS) das sequências alvo é realizado utilizando-se a plataforma illumina®. O alinhamento e detecção de variantes com base na versão GRCh37 do Genoma Humano e NC_012920.1 (mitocondrial). Os dados do sequenciamento são processados por protocolos customizados de bioinformática (pipeline germinativo v3.6) e analisados através da plataforma Varstation®. As variantes reportadas serão anotadas seguindo as recomendações descritas pela Human Genome Variation Society (HGVS) e, para variantes mitocondriais, Revised Cambridge Reference Sequence ("rCRS"). Para interpretação das variantes reportaveis serão considerados o quadro clínico do paciente e o protocolo de classificação de variantes do Colégio Americano de Genética Médica (ACMG). 

Limitações do exame

Este teste não avalia certas regiões codificantes (i.e., alguns exons) do genoma, tampouco é a metodologia de escolha para investigar condições genéticas associadas a expansões de polinucleotídeos, eventos genéticos complexos como inversões, translocações e expansões de regiões repetitivas. Este método apresenta limitações para avaliar regiões não-codificantes (i.e., intrônicas, promotoras, reguladoras, entre outras), pseudogenes, sequências com alta homologia de sequência e regiões repetitivas. Este teste avalia variações no número de cópias (CNVs) que compreendam, ao menos, três ou mais exons do genoma nuclear. As coordenadas genômicas das CNVs podem apresentar imprecisões na determinação dos pontos de quebra. A detecção de variantes mitocondriais bem como a determinação do grau de heteroplasmia estão diretamente relacionadas ao material biológico avaliado no teste. Variantes mitocondriais têm limite de detecção de 5% de heteroplasmia em regiões de cobertura maior ou igual que 200x; esta metodologia apresenta limitações na detecção de CNVs no DNA mitocondrial.