Instruções para o exame: Metagenomica de RNA Liquor

Metodologia

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Nova Geração (NGS).

O teste identifica o material genético de uma patógeno viral por técnicas de sequenciamento de nova geração sem a utilização de primers específicos. Na prática, isto significa que o RNA (cDNA) de todos os organismos em uma amostra serão sequenciados. Em seguida, os dados de sequenciamento gerados são analisados e comparados com bancos de dados públicos de genomas virais por ferramentas de bioinformática para a identificação e confirmação do patógeno viral. A identificação das sequências de um determinado patógeno viral após as etapas de confirmação é precisa e inequívoca, descartada a presença de contaminantes. Vale ressaltar que a técnica foi validada somente para vírus com o genoma de RNA.

Limitações do exame

- Este teste detecta pequenas deleções e duplicações até 17 bp, mas grandes deleções e duplicações não são detectadas por esta metodologia. Outras alterações estruturais,como inversões e translocações também não são detectadas. Havendo suspeita de algumas destas alterações, pode-se usar metodologias como array CGH, MLPA, qPCR ou FISH. - Mutações por expansão de repeats de trinucleotídeos não são detectáveis por sequenciamento. - Mutações intrônicas profundas, mitocondriais ou em regiões regulatórias, como promotores, não são detectáveis no presente teste. - Alteração epigenéticas não são detectáveis por este teste.