Instruções para o exame: SEQUENCIAMENTO GENOMA HUMANO COMPLETO

Metodologia

A metodologia usada no exame é SGC.

O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após fragmentação e ligação dos adaptadores por um método PCR-Free. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels), análise de número de cópias (CNVs) e de Variantes estruturais (SVs) para grandes deleções, duplicações, inversões, translocações e inserções no Pipeline Genomika-Einstein. 

A cobertura média esperada é de acima de 96% das bases com profundidade acima de 30x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh38/hg38. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG).

Limitações do exame

- Este teste detecta pequenas deleções e duplicações até 17 bp, mas grandes deleções e duplicações não são detectadas por esta metodologia. Outras alterações estruturais,como inversões e translocações também não são detectadas. Havendo suspeita de algumas destas alterações, pode-se usar metodologias como array CGH, MLPA, qPCR ou FISH. - Mutações por expansão de repeats de trinucleotídeos não são detectáveis por sequenciamento. - Mutações intrônicas profundas, mitocondriais ou em regiões regulatórias, como promotores, não são detectáveis no presente teste. - Alteração epigenéticas não são detectáveis por este teste.