Instruções para o exame: FOUNDATION ONE CDx

Metodologia

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Segunda Geração.

O DNA é extraído do material em bloco de parafina após avaliação de conteúdo tumoral por um patologista habilitado. Após preparo de bibioteca, o sequenciamento de segunda geração é realizado na plataforma Illumina. O resultado final é uma cobertura de >99% das bases com profundidade acima de 100x nos exons. Os dados do processamento seguem para análise através de pipeline desenvolvido para detectar todos os tipos de alterações genômicas, incluindo substituições de base, indels, amplificações de número de cópias focais, deleções gênicas em homozigose e rearranjos genômicos específicos (análise de fusões gênicas). Adicionalmente, é realizada a análise de instabilidade de microssatélites (MSI) e carga mutacional tumoral (TMB).

Limitações do exame

- Este teste detecta pequenas deleções e duplicações até 17 bp, mas grandes deleções e duplicações não são detectadas por esta metodologia. Outras alterações estruturais,como inversões e translocações também não são detectadas. Havendo suspeita de algumas destas alterações, pode-se usar metodologias como array CGH, MLPA, qPCR ou FISH. - Mutações por expansão de repeats de trinucleotídeos não são detectáveis por sequenciamento. - Mutações intrônicas profundas ou em regiões regulatórias, como promotores, não são detectáveis no presente teste. - Alteração epigenéticas não são detectáveis por este teste.