Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do gene PRF1.
O Sequenciamento do gene PRF1 permite detectar mutações associadas à A linfohistiocitose hemofagocítica familiar. Esta doença autossômica recessiva se caracteriza pela proliferação e infiltração de macrófagos hiperativados e linfócitos T. É uma enfermidade aguda com febre prolongada e hepatoesplenomegalia, normalmente dentro dos primeiros anos de vida e ocasionalmente no útero. Pode-se apresentar inicialmente alterações neurológicas ou aparecer mais tarde. Estas incluem aumento da pressão intracraneal, irritabilidade, rigidez do pescoço, hipotonia, convulsões, ataxia, hemiplegia e coma. É possível realizar o sequenciamento completo do gene PRF1 para detectar possíveis mutações causadoras da enfermidade.
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Genes Analisados
Avaliação por sequenciamento e do número de cópias
- PRF1: Cobertura média esperada de 100%.
Documentos Obrigatórios
Instruções
| Exigência | Descrição |
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| Materiais |
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| Conservação |
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| Critérios de Restrição |
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| Última Atualização |
01/12/2021 |
| Documentos Obrigatórios |
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Metodologia
O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) e análise de número de cópias (CNV) para grandes deleções e duplicações exônicas no Pipeline Genomika-Einstein.
A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh38/hg38. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG).
Limitações do exame
Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Análise de número de cópias (CNV) para variantes de um ou mais exons possui uma sensibilidade de >99%. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudo-genes.
Doenças relacionadas
| Código | Descrição | Detalhes |
|---|---|---|
| CODE-66 | Linfohistiocitose Hemofagocítica Familiar | |
| CODE-135 | Síndromes Hemofagocíticas |
Outros nomes para SEQUENCIAMENTO DO GENE PRF1 COM CNV
- FHLH
- Gene PRF1
- Linfohistiocitose Hemofagocítica Familiar
- Síndromes Hemofagocíticas