Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do gene FKRP.
Variantes patogênicas no gene FKRP estão associadas às doenças de Distrofia Muscular-Distroglicanopatia Congênita tipo A 5 [MIM 613153], Distrofia Muscular-Distroglicanopatia Congênita tipo B 5 [MIM 606612] e Distrofia Muscular-Distroglicanopatia Congênita tipo C 5 [MIM 607155].
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Genes Analisados
Avaliação por sequenciamento e do número de cópias
- FKRP: Cobertura média esperada de 97%.
Documentos Obrigatórios
Instruções
Exigência | Descrição |
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Materiais |
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Conservantes |
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Volume Recomendável |
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Tempo de Jejum |
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Conservação |
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Critérios de Rejeição |
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Critérios de Restrição |
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Última Atualização |
14/04/2023 |
Documentos Obrigatórios |
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Metodologia
O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) e análise de número de cópias (CNV) para grandes deleções e duplicações exônicas no Pipeline Genomika-Einstein.
A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh38/hg38. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG).
Limitações do exame
Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Análise de número de cópias (CNV) para variantes de um ou mais exons possui uma sensibilidade de >99%. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudo-genes.
Outros nomes para SEQUENCIAMENTO DO GENE FKRP COM CNV
- DISTROFIA MUSCULAR-DISTROGLICANOPATI CONGÊNITA
- DISTROFIA MUSCULAR CONGÊNITA DO TIPO 1C (MDC1C)
- DISTROFIA MUSCULAR DE CINTURAS DO TIPO 2I (LGMD2I)
- FKRP
- SEQUENCIAMENTO COMPLETO DO GENE
- SÍNDROME DE WALKER-WARBURG OU DOENÇA MUSCULAR-CÉREBRO