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Exame » PAINEL NGS PARA HIPOFOSFATASIA [711271]

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Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do painel de genes descrito abaixo.

Variantes patogênicas nos genes, estão associadas à:

Gene Condição MIM
ALPL Hipofosfatasia 146300
CLCN5 Doença de Dent tipo 1 300009
CYP2R1 Raquitismo hipocalcêmico dependente de vitamina D 600081
CYP27B1 Raquitismo hipocalcêmico dependente de vitamina D 264700
DMP1 Raquitismo hipofosfatêmico autossômico recessivo 241520
ENPP1 Raquitismo hipofosfatêmico autossômico recessivo 613312
FAH Tirosinemia tipo 1 276700
FAM20C Displasia óssea osteosclerótica letal 259775
FGF23 Calcinose tumoral hipercêmica 617993
FGFR1
 Nanismo osteoglofónico
 166250
PHEX
 Hipofosfatemia ligada ao X
 307800
SLC34A3 Raquitismo hipofosfatêmico com hipercalciúria 241530
VDR Raquitismo pseudocarencial ou hipocalcêmico tipo 2 277440

Segundo a literatura a análise de sequenciamento completo da região codificante do gene ALPL pode explicar até 95%, do gene CLCN5 até 60%, do gene FAH até 95% e no gene PHEX até 78% dos casos positivos para as variantes patogênicas descritas acima.

PAINEL NGS PARA HIPOFOSFATASIA
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Genes Analisados

Painel de Genes Analisados: (13 genes)
Observações:
  • ALPL: Análise de número de cópias (deleções/duplicações) não inclui o exon 2.
  • ENPP1: A análise por sequenciamento assim como a avaliação do número de cópias (deleções/duplicações) não incluem os exons 1 e 16 neste gene.
  • PHEX: A análise inclui a pesquisa da variante NM_000444.5:c.*231A>G.
  • FGF23: A análise de número de cópias (deleções/duplicações) não é realizada para este gene.

Documentos Obrigatórios

Termo de Consentimento

Instruções

Exigência Descrição
Materiais
  • Sangue
  • Saliva
  • DNA Extraído
Conservantes
  • Tubo com EDTA
  • Saliva em tubo OCR-100 (ORAcollect)
Volume Recomendável
  • Sangue: 2 a 4,9 ml
  • Saliva: mínimo de 1ml
Tempo de Jejum
  • Jejum não obrigatório
Conservação
  • Sangue em tubo com EDTA (tampa roxa): enviar a amostra num prazo máximo de 24h (temperatura ambiente, 18-25ºC) ou 4 dias (refrigerada, 2-8ºC), por courier.
  • Saliva em tubo OCR-100 (ORAcollect): enviar a amostra num prazo máximo de 15 dias (temperatura ambiente, 18-25º ou refrigerada, 2-8ºC), por courier.
  • DNA extraído: enviar a amostra com concentração de DNA mínima de 10 ng/uL em, pelo menos, 50uL de voluma final, razão 260/280 = 1,8 a 2,2, envio em tubo de 1,5 ml. Temperatura ambiente, 18-25º ou refrigerada, 2-8ºC ou congelada, -10°C -30°C, por courier. - Obrigatório envio do formulário específico (entrar em contato atendimentogenomika@einstein.br).
Critérios de Rejeição
  • Conservante inadequado
  • Amostra fora do prazo de viabilidade.
  • Amostra sem identificação.
  • Presença de coágulo ou hemólise grosseira
Critérios de Restrição
  • Ausência de formulário/questionário.
  • Ausência de TCLE.
Orientações  de preparo
  • Amostras de saliva: 30 minutos antes da coleta, não beber, comer, fumar, mascar chicletes, escovar os dentes ou inserir qualquer objeto na boca.
Documentos Obrigatórios

Metodologia

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de segunda geração com análise de número de cópias.

O DNA extraído é enriquecido para as regiões-alvo do teste utilizando um protocolo baseado em hibridização e sequenciado em plataforma Illumina. Para atingir uma cobertura >99% em todas as regiões gênicas de interesse, o DNA pode ser sequenciado por duas ou mais técnicas complementares adicionais. O resultado final é uma cobertura de >99% das bases nas regiões exônicas, 10bp de região intrônica adjacente e outras regiões específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes no momento do desenho do ensaio. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37. As deleções e duplicações exônicas são chamadas usando um algoritmo "in-house" que determina o número de cópias em cada alvo. Variantes clinicamente significantes podem ser confirmadas por metodologias alternativas. Regiões promotoras, regiões não traduzidas e outras regiões não codificantes não são avaliadas, senão no contexto anteriormente citado.

Limitações do exame

Este teste não avalia certas regiões codificantes (i.e., alguns exons) do genoma, tampouco é a metodologia de escolha para investigar condições genéticas associadas a expansões de polinucleotídeos, eventos genéticos complexos como inversões, translocações e expansões de regiões repetitivas. Este método apresenta limitações para avaliar regiões não-codificantes (i.e., intrônicas, promotoras, reguladoras, entre outras), pseudogenes, sequências com alta homologia de sequência e regiões repetitivas. Este teste avalia variações no número de cópias (CNVs) que compreendam, ao menos, três ou mais exons do genoma nuclear. As coordenadas genômicas das CNVs podem apresentar imprecisões na determinação dos pontos de quebra.

Outros nomes para PAINEL NGS PARA HIPOFOSFATASIA

  • HIPOFOSFATASIA
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