Exame » SEQUENCIAMENTO DO GENE F9 COM CNV [708941]
Cobertura ANS
Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do gene F9.
O gene F9 produz o Fator IX da coagulação, que no plasma se associa com o fator de von Willebrand na cascata de coagulação. Alterações no gene F9 causam a deficiência do fator IX e por isso são a cauda da Hemofilia B.
A hemofilia B é uma doença com herança recessiva causada por mutação herdada ou adquirida no gene do fator IX ou por inibição adquirida do fator IX. O gene do fator IX está localizado no braço longo do cromossomo X, na banda q27. Ele contem 415 aminoácidos, codifica uma proteína de 33kb e contem 8 exons e 7 introns.
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Genes Analisados
Avaliação por sequenciamento e do número de cópias
- F9: Cobertura média esperada de 100%.
Documentos Obrigatórios
Instruções
| Exigência | Descrição |
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| Materiais |
ou
ou
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| Conservantes |
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| Volume Recomendável |
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| Tempo de Jejum |
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| Conservação |
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| Critérios de Rejeição |
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| Critérios de Restrição |
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| Última Atualização |
31/01/2020 |
| Documentos Obrigatórios |
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Metodologia
O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) e análise de número de cópias (CNV) para grandes deleções e duplicações exônicas no Pipeline Genomika-Einstein.
A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh38/hg38. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG).
Limitações do exame
Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Análise de número de cópias (CNV) para variantes de um ou mais exons possui uma sensibilidade de >99%. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudo-genes.
Doenças relacionadas
| Código | Descrição | Detalhes |
|---|---|---|
| HEMOFB | Hemofilia B |
Outros nomes para SEQUENCIAMENTO DO GENE F9 COM CNV
- Fator 9 da coagulação
- Fator IX da coagulação
- Gene F9
- Hemofilia B