Neste teste é realizado o sequenciamento do gene HNF4A, associado a diabete MODY tipo 1.
A diabetes tipo MODY (Maturity onset diabetes of the young) pertence a um subtipo monogênico de diabetes mellitus, caracterizado por começo precoce, normalmente antes dos 25 anos (mas pode ocorrer mais tardiamente), herança autossômica dominante e disfunção primária da célula beta pancreática. O MODY supõe de 1 a 5% de todos os casos de diabetes nos países industrializados. É devida a um defeito genético da secreção da insulina e a uma alteração na diferenciação e no desenvolvimento da célula ß.
A diabetes tipo MODY é geneticamente heterogênea e resulta de mutações em estado heterozigoto em pelo menos seis genes diferentes: MODY tipo 1, o gene afetado é o HNF4A, o qual codifica um fator de transcrição identificado como o fator hepatonuclear 4α. MODY tipo 2, o gene afetado é o GCK, o qual codifica a enzima glicolítica, a glicocinase que intervém como sensor de glicose na regulação da secreção de insulina. MODY tipo 3, o gene afetado é o HNF1A, o qual codifica o fator de transcrição identificado como fator hepatonuclear 1α. Este gene também é conhecido como o fator de transcrição do hepatócito 1 (TCF1). MODY tipo 4, o gene afetado é o IPF1, o qual codifica o fator promotor da insulina 1. MODY tipo 5, o gene afetado é o HNF1B, o qual codifica o fator de transcrição identificado como fator hepatonuclear 1 β. MODY tipo 6, o gene afetado é o NEUROD1/BETA2 que intervém no desenvolvimento pancreático e na transcrição do gene da insulina.
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Genes Analisados
- HNF4A: Cobertura média esperada de 100%.
Documentos Obrigatórios
Instruções
Exigência | Descrição |
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Conservação |
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Orientações de preparo |
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Documentos Obrigatórios |
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Metodologia
O DNA extraído é enriquecido para as regiões-alvo do teste utilizando um protocolo baseado em hibridização e sequenciado em plataforma Illumina. Para atingir uma cobertura >99% em todas as regiões gênicas de interesse, o DNA pode ser sequenciado por duas ou mais técnicas complementares adicionais. O resultado final é uma cobertura de >99% das bases nas regiões exônicas, 10bp de região intrônica adjacente e outras regiões específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes no momento do desenho do ensaio. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37. As deleções e duplicações exônicas são chamadas usando um algoritmo "in-house" que determina o número de cópias em cada alvo. Variantes clinicamente significantes podem ser confirmadas por metodologias alternativas. Regiões promotoras, regiões não traduzidas e outras regiões não codificantes não são avaliadas, senão no contexto anteriormente citado.
Limitações do exame
Este teste não avalia certas regiões codificantes (i.e., alguns exons) do genoma, tampouco é a metodologia de escolha para investigar condições genéticas associadas a expansões de polinucleotídeos, eventos genéticos complexos como inversões, translocações e expansões de regiões repetitivas. Este método apresenta limitações para avaliar regiões não-codificantes (i.e., intrônicas, promotoras, reguladoras, entre outras), pseudogenes, sequências com alta homologia de sequência e regiões repetitivas. Este teste avalia variações no número de cópias (CNVs) que compreendam, ao menos, três ou mais exons do genoma nuclear. As coordenadas genômicas das CNVs podem apresentar imprecisões na determinação dos pontos de quebra.
Outros nomes para SEQUENCIAMENTO DO GENE HNF4A
- MODY (maturity-Onset Diabetes of the Young)
- Diabetes MELLITUS
- Gene HNF4A
- MODY tipo 1