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Exame » SEQUENCIAMENTO DO GENE NOD2 COM CNV [707453]

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Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do gene NOD2.

O sequenciamento completo do gene NOD2 detecta mutações que podem ser responsáveis pela doença de Crohn. A doença de Crohn é um processo inflamatório transmural do intestino, crônico e idiopático que leva a fibrose e sintomas obstrutivos, podendo afetar qualquer parte do trato gastrointestinal (desde a cavidade oral até o ânus). Em cerca de 30% dos casos o intestino delgado é afetado (principalmente o íleo terminal), em 30% casos o colon é acometido e, nos 40% restantes, há acometimento dos dois. A apresentação característica dessa doença é dor abdominal e diarréia, os quais podem complicar com fistulas intestinais, obstrução ou ambos. A recorrência dos sintomas é uma característica dessa doença de curso prolongado.

A causa exata da doença de Crohn ainda não foi esclarecida, sendo que fatores genéticos, microbianos, imunológicos, ambientais, nutricionais, vasculares e psicossociais (como tabagismo, contraceptivos orais e antiinflamtórios não esteroidais) parecem estar envolvidos. A interação entre fatores genéticos predisponentes, fatores ambientais, fatores do hospedeiro e eventos desencadeantes são necessários para o desenvolvimento da doença, o que evidencia a sua multicausalidade.

Varios genes parecem contribuir para o complexo fenótipo dessa patologia. Estudos indicam que mutações no gene NOD2 (tambem conhecido como CARD15), regulador da resposta imune intracelular a produtos bacterianos e localizado no cromossomo 16, conferem suscetibilidade a doença de Crohn. Outras três mutações principais (R 702W, G908 R e 1007 frameshift) foram descritas e ligadas ao fenótipo da doença.

SEQUENCIAMENTO DO GENE NOD2 COM CNV
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Genes Analisados

Painel de Genes Analisados: (1 gene)

Avaliação por sequenciamento e do número de cópias

Observações:
  • NOD2: Cobertura média esperada de 100%.

Documentos Obrigatórios

Formulário de Requisição Termo de Consentimento

Instruções

Exigência Descrição
Materiais
  • Sangue

ou

  • Saliva

ou

  • DNA extraído (para envio, entrar em contato com a Genomika)
Conservantes
  • Sangue em EDTA
  • Kit Saliva OCR-100 (ORAcollect)
Volume Recomendável
  • Sangue: mínimo 2 ml, ideal 4 ml
  • Saliva: mínimo de 1,5 a 2 mL
Tempo de Jejum
  • Jejum não obrigatório
Conservação
  • Sangue em tubo com EDTA (tampa roxa): enviar a amostra num prazo máximo de 96h (temperatura ambiente, 18-25ºC) ou 7 dias (refrigerada, 2-8ºC).
  • Saliva em tubo OCR-100 (ORAcollect): enviar a amostra num prazo máximo de 15 dias (temperatura ambiente, 18-25ºC ou refrigerada, 2-8ºC), por courier.
  • DNA extraído: enviar a amostra num prazo máximo de 15 dias (temperatura ambiente, 18-25º ou refrigerada, 2-8ºC) ou 60 dias (congelada, -10°C -30°C), por courier. - Obrigatório envio do formulário específico (entrar em contato).
Critérios de Rejeição
  • Amostra de sangue congelada.
  • Presença de coágulo ou hemólise grosseira.
  • Tubo com anticoagulante ou conservante inadequado.
Critérios de Restrição
  • Amostra com volume inferior ao solicitado.
  • Amostra fora do prazo de viabilidade
  • Avarias no tubo e/ou recipiente do material enviado.
  • Amostra sem a correta identificação.
  • Falta de requisição médica.
  • Ausência de termo de consentimento assinado pelo paciente ou responsável.
  • Amostra de DNA extraído sem formulário específico.
Última Atualização

09/03/2022

Documentos Obrigatórios

Metodologia

A metodologia usada no exame é Sequenciamento de Segunda Geração (NGS) por Captura e CNV.

O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) e análise de número de cópias (CNV) para grandes deleções e duplicações exônicas no Pipeline Genomika-Einstein. 

A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh38/hg38. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG). 

Limitações do exame

Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Análise de número de cópias (CNV) para variantes de um ou mais exons possui uma sensibilidade de >99%. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudo-genes.

Doenças relacionadas

Código Descrição Detalhes
CODE-35 Doenças Autoinflamatórias ver mais

Outros nomes para SEQUENCIAMENTO DO GENE NOD2 COM CNV

  • Gene NOD2 e CARD15
  • SÍNDROME DE CROHN
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