Neste exame é realizado o sequenciamento e avaliação do número de cópias do gene AGXT.
Variantes patogênicas no gene AGXT estão associadas a doença de Hiperoxalúria Primária do Tipo 1 [MIM 259900]. Segundo a literatura a análise de sequenciamento completo da região codificante do gene pode explicar até 97% dos casos positivos para esta doença.
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Genes Analisados
Avaliação por sequenciamento e do número de cópias
- AGXT: Cobertura média esperada de 100%.
Documentos Obrigatórios
Instruções
| Exigência | Descrição |
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| Materiais |
ou
ou
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| Conservantes |
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| Volume Recomendável |
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| Tempo de Jejum |
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| Conservação |
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| Critérios de Rejeição |
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| Critérios de Restrição |
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| Última Atualização |
31/10/2019 |
| Documentos Obrigatórios |
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Metodologia
O DNA extraído é submetido a sequenciamento de segunda geração na plataforma Illumina, após enriquecimento por um método de captura. Os dados são processados para chamada de variantes (SNVs, pequenas indels) e análise de número de cópias (CNV) para grandes deleções e duplicações exônicas no Pipeline Genomika-Einstein.
A cobertura média esperada é de acima de 99% das bases com profundidade acima de 10x nos exons e 5pb de região intrônica adjacente, além de outras regiões não-codificantes específicas conhecidamente causadoras de fenótipos clínicos relevantes até o momento do desenho do ensaio. Genes com cobertura inferior a 98% são devidamente informados na seção de genes analisados. A numeração da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh38/hg38. A classificação de variantes é feita de acordo com os critérios do Colégio Americano de Genômica e Genética Clínica (ACMG).
Limitações do exame
Este teste detecta >99% das variantes SNVs e de pequenas deleções e duplicações com até 20bp. Variantes maiores que 20bp e menores do que um éxon podem ser detectadas com sensibilidade reduzida. Análise de número de cópias (CNV) para variantes de um ou mais exons possui uma sensibilidade de >99%. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições, regiões intrônicas profundas e áreas com pseudo-genes.
Doenças relacionadas
| Código | Descrição | Detalhes |
|---|---|---|
| HIPEROXALURIA | HIPEROXALÚRIA PRIMÁRIA | |
| AGXT | HIPEROXALÚRIA TIPO 1 |
Outros nomes para SEQUENCIAMENTO DO GENE AGXT COM CNV
- DEFICIÊNCIA DE AGT HEPÁTICA
- DEFICIÊNCIA DE ALANINA GLIOXILATO AMINOTRANSFERASE
- DEFICIÊNCIA DE PIRUVATO AMINOTRANSFERASE
- DEFICIÊNCIA GLIOXILATO AMINOTRANSFERASE
- GLICOLICACIDURIA
- HIPEROXALÚRIA PRIMÁRIA
- SEQUENCIAMENTO COMPLETO DO GENE